根据水利局工作职责，市水利局设6个内设机构：
（一）综合办公室（督查室）
负责文电、党务、会务、机要、档案等机关日常运转工作；负责信息、安全、保密、政务公开等工作；负责局机关和直属单位的机构编制和人事管理工作；负责指导本系统劳动保护和队伍建设工作；负责本系统绩效考核工作，督促、检查市委、市政府及上级部门部署的各项工作，并对落实情况分析协调提出督办意见；负责各级领导的重要批示及相关工作督查。
（二）农村水利科
组织编制全市农村水利发展和农田基本建设规划、计划并指导实施；负责全市农村水利建设工作；负责农田基本建设“大禹杯”竞赛考核工作；负责抗旱排涝工作；负责农村水利工程维修、养护工作；指导农村饮水、农业供水工作；指导灌区管理工作；指导全市农村水利基层服务体系建设。
（三）建设管理科（安全生产管理办公室）
负责指导全市水利设施及其岸线的管理和保护，拟订管理和保护的规章制度并组织实施；负责全市重点水利工程建设管理、验收和运行监督管理工作；负责水利建设市场的监督管理；主管全市水利工程建设招投标工作；指导水利工程建设质量与安全工作；指导全市防洪、防潮工程的建设与管理；指导河道管理工作。
（四）规划计划财务科
组织编制全市水利中长期发展规划和年度计划；组织编制重要水利综合规划、专业规划和专项规划；指导水利工程建设项目合规性审查工作；负责对水利建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计进行审核和报批；组织编制市水利部门预算及非税收入年度使用计划；负责市水利局资金和国有资产的监督管理工作；负责机关及直属单位财务管理工作；负责水利综合统计、科技推广及对外经济技术合作等工作；负责市水利局机关及纳入统一结算的直属事业单位日常财务管理和会计核算工作；负责年度部门预算审核与专项审核工作。
（五）水生态治理科（水土保持办公室）
负责指导和协调水资源管理工作；负责水土流失综合防治、水土资源合理开发利用工作；负责指导全市水土保持监察工作；负责编制水土保持中长期规划、区划和年度计划；负责宣传水土保持法，预防和治理水土流失，减轻旱、风、沙灾害，改善生态环境等工作；负责水生态保护区、水源涵养区保护工作；负责生态脆弱河湖和地区的水生态修复工作；负责江河湖库水系连通工作；负责水利风景区建设工作；指导河道生态建设工作。
（六）法制与宣教科（行政审批办公室）
负责指导和协调全市水行政工作；负责全市水利行业教育培训工作；组织指导全市水利宣传工作；组织拟定地方规范性文件，指导监督相关法律、法规的贯彻落实；承办行政复议、行政诉讼工作；负责信访工作；负责局官方网站建设和运行管理工作；负责数字化管理、电子政务工作；负责本部门行政审批事项集中承办工作。